微波能量的直接作用

微波炉通过产生高频微波，传递给食物中的水分，使之加热。这种加热方式被认为是安全和快速的，但这并不意味着没有潜在的危害。长时间或不当使用微波炉可能会导致食物中含有的营养素流失，同时也可能引起食品质地变化。

食品中维生素C、B等营养素的破坏

使用微波炉加热时，特别是在较短时间内加热高温食品，如肉类、蔬菜等时，容易破坏其中的一些维生素和矿物质。这是因为高温环境下这些有机体结构较为脆弱，不易保持其原有的化学结构，从而影响到人体对这些营养素的吸收。

食品中的抗氧化剂消失

在微波加热过程中，由于暴露在极端温度条件下，食物中的抗氧化剂如维生素E等也会受到损伤，这些抗氧化剂对于保护细胞免受自由基攻击至关重要。因此，一旦它们丧失了功能，那么相关疾病发生风险就会增加。

食品成分变异带来的健康问题

加热过程中，有些蛋白质和脂肪酸可以形成新的合成产物，这些新合成产物在人体内可能会引发过敏反应或者其他不良影响。此外，一些致癌性氰基苯甲烷（PhIP）同样存在于一些熟肉上，当经过微波加热后，其含量还会进一步增加，对人类健康造成潜在威胁。

过度利用电磁辐射的问题

虽然现代家用型微波炉设计得比较完善，但是如果操作不当，比如打开门窗让电磁辐射泄漏出去，也许对周围的人或动物造成一定程度的心理压力。而且，如果经常处于接近源头的地方，长期接触低强度但持续不断的非离子辐射，对身体健康也有所影响。