网络系统共分为三层结构：现场控制层、过程监控层和生产管理与市场经营管理层。现场控制层采用PROFIBUS-DP总线进行I/O分布式配置，共分8个PLC单元，每个单元负责不同区域或设备的监控和控制。
过程监控层通过WINCC服务器将所有8个控制单元的数据信息传输至工业以太网的相关数据服务器中，以供系统全集成使用。此外，还预留了未来项目升级所需的网络接口，如新建变配电站网络接口等。
生产与市场管理层利用SIMATICNET实现办公自动化，与工业环境下的自动化系统无缝集成。通过ISDN和Internet上的电话连接，可实现异地办公与管理，为市场竞争提供快速准确的全球性信息服务。
主控室工作站集中布置于52#建筑技术夹层办公室内，计算机配置满足高性能需求，并设有UPS电源保证稳定运行。大屏监视室用于实时监控关键设备状态；分控室设置工艺设备监控站及现场运转状况显示器；所长办公室设有视频监视器及打印机，便于领导实时查看生产情况并发出指令。而系统管理工程师可通过专用监视器随时查询各网络设备运转状况并发布维护通知。
网络通讯采用开放式总线拓扑结构，由现场控制层（PROFIBUS）和过程监控层（工业以太网）的TCP/IP协议构成，以满足系统扩展需求。所有通信设备均应符合国家标准规定，并为将来扩展留有余量。在生物制药行业中，这种结构极大提高了整个系统的可靠性、灵活性以及可扩展性，使其符合生物制药自动化发展趋势。
